Opravdovým vládcem nad Lipnicí se však stal hejtman Táborské jednoty a lipnický purkrabí Jan Smil z Křemže. Oldřich mu nejprve ustoupil a potvrdil mu jeho práva na lipnické panství, ale r.1436 Smila zajal a přichystal mu krutou smrt v hladomorně českokrumlovského hradu. Poté se Lipnice dostala do rukou jiného husitského hejtmana, Mikuláše Trčky z Lípy. Hrad se tak stal centrem panství jednoho z nejvýznamnějších českých protestantských rodů. Mikulášův syn Burian se proslavil již za husitských válek a později byl věrným straníkem a rádcem krále Jiřího z Poděbrad. V té době také vzrostl pevnostní význam hradu Lipnice jako obranného centra proti nájezdům Jiříkových odpůrců, vedených Zdeňkem ze Šternberka usazeným v nedaleké Jihlavě. Burian II. Trčka z Lípy, syn Burianův, zastával funkci královského podkomořího a za jeho vlády prožil rod Trčků další vzestup. Byl to právě on a jeho syn Jan, kdo Lipnici na počátku 16.století velkoryse přestavěl do podoby pozdně gotické hradní residence.

Zdroj: www.hrad-lipnice.eu - Hrad