Do konce 14. století byl na území Varnsdorfu rytířský manský statek pánů z Varnsdorfu. Od nich pochází dnešní znak Varnsdorfu, bílý půlměsíc a hvězda v modrém poli. Husitství kraj významněji nezasáhlo, území Varnsdorfu bylo pod ochranou Žitavy. Nejstarší zmínka o kostele na místě dnešního Varnsdorfu se našla v roce 1670 při zvětšování okna dnešního děkanského kostela, šlo o letopočet 1233 vytesaný v trámu. V roce 1384 kostel patřil k žitavskému děkanátu. Za husitských válek se v kraji na místě dnešního Varnsdorfu šlechta spojovala s husity proti Horní Lužici. Varnsdorf však zůstal katolický až do roku 1511, kdy za kněze Lorenze Heidenreicha začal přijímat luterskou víru, a roku 1535 již byl celý luteránský. Tak setrval celé století a kostel spravovali luterští pastoři. Po bitvě na Bílé hoře se na rozdíl od vnitrozemí Čech ve Varnsdorfu nedařilo šířit katolictví, město bylo obsazeno střídavě švédskými a saskými vojsky. V roce 1631 uprchl pastor z Varnsdorfu do Seifhennersdorfu, kde spolu s pastorem z Rumburka křtili a oddávali věřící z Varnsdorfu a Rumburku. V Rumburku byl tehdy ustanoven katolický kněz, který se tam však kvůli přítomnosti švédských vojsk neodvážil zůstat. Až do roku 1653 se obyvatelé Varnsdorfu nechávali křtít protestantskými pastory v sousedním Sasku. V této době se většina varnsdorfských obyvatel usadila v sousedním Sasku, kde tehdy vznikaly i nové vesnice, například Neusalza a Neugersdorf.